Bibliotekę szkolną, pomoce naukowe, dokumentację szkolną, ukryto przed okupantem,który zezwolił jedynie na kontynuowanie nauki na poziomie podstawowym. Treści nauczania miały zostać pozbawione wszelkiego?polskiego szowinizmu?. W listopadzie 1939 r. Niemcy podstępnie aresztują nauczycieli powiatu niżańskiego w tym W. Habdanka-Kossowskiego. Na szczęście wkrótce zostają oni zwolnieni i przystępują do nauczania dzieci i młodzieży w warunkach konspiracji. Małżeństwo Kossowskich swoją tajną pracę pedagogiczną będzie prowadzić na Pławie, gdzie mieszkali przez okres wojny. Odtąd charakterystyczny ?biały domek? stanie się miejscem nie tylko codziennego życia Kossowskch ale także ich konspiracyjnego nauczania. Mimo zagrożenia w samym tylko tajnym nauczaniu na poziomie gimnazjum brało udział 230 uczniów a w latach 1940-44 świadectwa dojrzałości stalowowolskiego liceum i gimnazjum uzyskało 126 uczniów.
Sam budynek przedwojennego Gimnazjum i Liceum wkrótce został zajęty na koszary dla Wehrmachtu, szykującego się do ataku na ZSRR. Po wkroczeniu Armii Sowieckiej do Stalowej Woli, budynek szkoły został zajęty na szpital wojskowy. Budynek szkoły został znacznie zdewastowany. Dlatego dzieci ze szkoły powszechnej gimnazjum i liceum uczyły się w budynku, dzisiejszej szkoły nr 1, w bardzo trudnych warunkach. Pierwszy powojenny rok szkolny zainaugurowano z ogromnymi nadziejami i entuzjazmem 20.08. 1944 r. W gimnazjum uczyło się wówczas 254 a w liceum 41 uczniów.